Fulham tog ledningen precis innan paus genom Rodrigo Muniz som spelades fram av amerikanen Antonee Robinson med ett mycket elegant inspel från vänster.
Situationen VAR-granskades, men målet stod när domaren konstaterade att Muniz var onside.
Fulham fortsatte hitta nätet efter paus när serben Sasa Lukic gjorde sitt första mål som Fulham-spelare i minut 49.
Muniz utökade med sitt andra mål till 3-0 efter en timme och fyra minuter senare hade Joao Palhinha ytterligare en boll i mål, men det dömdes bort för offiside efter matchens andra VAR-granskning.
Spurs fick aldrig in någon reducering utan fick lämna Craven Cottage mållösa en vecka efter 4-0-segern borta mot konkurrenten Aston Villa.
Man ligger nu femma i Premier League, två poäng bakom Villa.
Fulham är tolva.
Dejan Kulusevski spelade hela matchen för Spurs.
- Det var mycket som inte gick rätt i dag, men det är en del av vår utveckling och vi får lära oss att hantera det, säger Tottenhams Ange Postecoglou.
- Vi hade inte samma intensitet efter paus, det har varit vårt attribut och har vi inte den blir det svårt för oss.
Sky Sports-experten och den tidigare Tottenhamspelaren Jamie Redknapp går hårt åt Spurs i sin analys av matchen.
- De kom in i den här matchen med en viss arrogans efter segern mot Aston Villa. Premier League funkar inte så. Det här kan ha varit varningen Ange Postecpglou behövde, säer han.
- Hade jag varit i omklädningsrummet hade jag varit rasande och hytt med näven och sagt att det där inte räcker för att komma topp-fyra eller ens topp-fem.
- De måste studsa tillbaka. Det där var så okaraktäristiskt från det jag sett från dem den här säsongen, det där såg ut som de senaste två eller tre säsongerna.
Lagkaptenen Heung-Min Son är också kritisk:
- Det är oacceptabelt, och då räknar jag in min egen insats. Det var inte bra nog. Vi kämpade inte lika mycket som vi gjort tidigare under säsongen. Vår insats och vår attityd var inte bra nog.
Startelvor:
Fulham: Leno, Castagne, Adarabioyo, Bassey, Robinson, Palinha, Lukic, Willian, Pereira, Iwobi, Muniz
Tottenham: Vicario, Porro, Romero, Dragusin, Udogie, Bissouma, Sarr, Kulusevski, Maddison, Johnson, Son