Inför den sista omgången hade Milan ett bra utgångsläge att ta sig vidare till slutspel. Laget låg på andra plats bakom Real Betis i grupp F och i den sista gruppspelsomgången ställdes man borta mot tredjeplacerade Olympiakos.
Grekerna hade också chansen att ta sig vidare till slutspel, men då krävdes vinst med två mål mot Milan.
Efter första halvlek var ställningen 0-0, men kvarten in i den andra tog hemmalaget ledningen genom Pape Aboe Cisse. Tio minuter senare kom nästa Olympiakos-mål. Bollen styrdes i nät via en olycklig Christian Zapata som dock skulle revanschera sig strax därpå.
Colombianen höll sig påpassligt framme på en hörna och styrde in bollen i nät. Bollen passerade med nöd och näppe mållinjen, men innebar hur som helst reducering och just då var Milan vidare till 16-delsfinal.
Med kvarten kvar kom nästa vändning i matchen. Den förre Roma-försvararen Vasilis Torosidis omfamnades i straffområdet och domaren valde att döma straff. Från elvameterspunkten var Kostas Fortunis säkerheten själv när man placerade in 3-1, vilket också blev matchens sista mål.
Resultatet innebär att Milan överraskande åker ur Europa League redan i gruppspelet, medan Olympiakos tar sig vidare till slutspel tillsammans med spanska Real Betis.