IFK Göteborg vann det första playoff-mötet med Karabach med 1-0 hemma på Gamla Ullevi och var 90 minuter från att ta sig till Europa League.
Men tröskeln var alldeles för hög. Bortamötet med Karabach slutade med en 0-3-förlust.
IFK Göteborg hamnade i underläge efter 19 minuter. John Alvbåge blev helt ställd på ett skott som styrdes in i mål.
Hemmalaget Qarabag tryckte på för fullt inledningsvis och fortsatte att styra spelet efter ledningsmålet och i den 26:e minuten small det till igen.
Uppförsbacken blev än tyngre i den 51:a minuten när Dani Quintana retligt enkelt rullade in 3-0 efter att ha gjort bort IFK-försvaret.
Blåvitt lyckades inte repa sig från smällen och fick se sig besegrat. Dessutom fick forwarden Mikael Boman bäras av på bår.
I slutsekunderna fick även Sebastian Eriksson hjälpas av planen.
Lagens startelvor:
Karabach: Sehic - Medvedev, Yunuszada, Sadygov, Agolli - Michel, Garayev, Richard Almeida - Dani Quintana, Reynaldo, Muarem.
IFK Göteborg: Alvbåge - Salomonsson, Bjärsmyr, Rogne, Jamieson - Rieks, Albaek, Eriksson, Ankersen - Hysén, Boman.