Den 33-årige dansken fick en smäll mot knät mot IFK Göteborg förra veckan, som gjorde att han stod över efterföljande match mot Hammarby. Jens Stryger har haft problem med samma knä under året, och de nya besvären gör att han även missar onsdagens Europa League-match mot Beşiktaş.
När Malmö FF-spelarna anlände till hotellet i Istanbul syntes Stryger inte till.
"Stryger har fortsatta besvär med sitt knä som höll honom borta från Hammarby-matchen och är inte med i matchtruppen", skriver MFF:s presskommunikatör Hjalmar Steenberg i ett meddelande.
Stryger har spelat 37 matcher i MFF under året.