Isak Hien spelade från start men slapp möta Chvitja Kvaratschelia, som i fredags blev såld till PSG. Den svenske landslagsbacken fick det hett om öronen ändå - men klarade uppgiften mot bland annat Romelu Lukaku med bravur.
Tyngre gick det för laget.
Atalanta tog dock ledningen tidigt i toppmötet. Mateo Retegui fick bollen i offensivt straffområde och dunkade läckert upp 1-0 i nättaket.
Sen vaknade gästerna till liv.
Först kvitterade Matteo Politano innan Scott McTominay fullbordade Napolis vändning när han dundrade in 1-2 strax före halvtidsvilan.
I början av andra halvlek var det Atalantas tur att kontraslå. Ademola Lookman fick med sig bollen i en duell med Napoli-försvaret och avlossade ett skott som letade sig hela vägen in i nätmaskorna.
När dryga tio minuter återstod att spela på X föll avgörandet.
Isak Hien lämnade sin mittbacksposition för att blocka ett inlägg. Det misslyckades han med - och i straffområdet fanns Romelu Lukaku som nickade in 3-2 till Napoli.
- Han är en beast där. Det är inte Isak Hien som tar duellen mot honom, Hien som har varit fläckfri i försvarsspelet mot Lukaku i en mot en-situationerna, sa expert Marcelo Fernandez i TV4:s sändning.
Lukaku vann sin nickduell mot Atalanta-backen Giorgio Scalvini.
- Han åt upp Scalvini, lade Fernandez till.
Fler mål blev det inte och Napoli vann med 3-2. Antonio Conte och hans mannar utökar därmed sin serieledningen till sex poäng ner till tvåan Inter, som dock har två matcher färre spelade.
Atalanta är kvar som trea i tabellen.
Startelvor:
Atalanta: Carnesecchi - Djimsiti, Hien, Scalvini - Bellanova, Ederson, de Roon, Ruggeri - Samardzic - Retegui, Lookman.
Napoli: Meret - Di Lorenzo, Rrahmani, Juan Jesus, Olivera - Anguissa, Lobotka, McTominay - Politano, Lukaku, Neres.