Barcelonastjärnan slog ihop sitt huvud med Yasmani Duk och fick ett stort sår i huvudet. Neymar tvingades därefter, i den 67:e minuten, att bytas ut. Men då var redan segern bärgad.
Det brasilianska laget var särskilt övertygande under den första halvleken då de gjorde fyra av de fem målen. Segern placerar dem på en andraplats i tabellen och tog dem ett steg närmare att säkra en plats i VM-slutspelet i Ryssland 2018. Laget har nu 18 poäng efter nio spelade matcher.
Förbundskaptenen Tite, som lett Brasilien till tre raka segrar sedan han tog över efter Dunga, trodde inte att laget skulle vinna i utklassningsstil.
- Jag hade inte väntat mig det. Laget jobbar väldigt hårt för varandra. Vi försöker att ha spelarna i samma position som i sina klubblag, det tror jag hjälper oss, säger Tite.
Uruguay är kvar i tabelltoppen efter 3-0 mot Venezuela. Edinson Cavani fortsätter att imponera i VM-kvalet. Han gjorde två mål i matchen och har gjort fyra mål i de två senaste VM-kvalmatcherna. Uruguay har 19 poäng.
Chile, som vunnit de sydamerikanska mästerskapen de två senaste gångerna, fortsätter att gå kräftgång i VM-kvalet. Efter 0-3 mot Ecuador är Chile sjua i tabellen, fem poäng från en VM-plats.
Argentina, utan skadade superstjärnan Messi, spelade 2-2 mot Peru på bortaplan. Argentina såg ut att gå mot en seger, ledde länge med 1-0, men Peru kämpade sig tillbaka och kvitterade två gånger om. Argentina är femma i VM-kvaltabellen och på sista kvalplats.
Colombia vann över Paraguay med 1-0 efter mål av Edwin Cardona i matchens slutminut och ligger på fjärde plats.