Enligt den brittiska encyklopedin Britannica var Ustasha en fascistisk rörelse i Kroatien från 1929 till 1945 och gruppen utrotade serber, judar och romer för att göra sin stat "renare".
I Kroatiens 1-0-förlust mot Turkiet i Osijek sjöngs ramsor från och för Ustaša. Enligt 24sata gastade supportrar bland annat att "Ustašas flagga ska vaja för frihet".
"Kroatisk fotboll kommer ännu en gång skämmas", skriver tidningen.
Enigt Sportske Novosti har polisen inlett en utredning kring det inträffade.
Det riskerar även att leda till straff från Uefa, för det är inte första gången något liknande inträffar.
I EM-kvalmötet med Lettland på hemmaplan viftade en supporter med Ustaša-flagga och förbundet, HNS, tvingades böta 10 000 euro, över 110 000 kronor, och fick dessutom ett villkorligt straff på att delvis stänga en läktarsektion. Prövotiden var två år och togs nyligen.
Skulle Uefa inleda en ny utredning är det inte otänkbart att Kroatien får spela sin nästa hemmamatch inför delvis stängda läktare.