Redan innan han gjort sin debut för klubben hade svensken slagit rekord. Först som FC Barcelonas då dyraste värvning någonsin med en prislapp på 46 miljoner euro motsvarande 500 miljoner kronor. Då Zlatan även ingick i en bytesaffär där Samuel Eto’o gick till Inter kom värvningen att värderas till 715 miljoner kronor. Vilket gjorde det till dåtidens näst dyraste värvning alla kategorier.
Den 27 juli kom Zlatan att presenteras på Camp Nou inför 60.000 jublande Barcelona-supportrar. Ett rekord som fortfarande står sig som det största välkomnandet i klubbens historia.
Även på planen startade sejouren i Barcelona bra för svensken som gjorde mål direkt i ligadebuten mot Sporting Gijón och följde upp det med sju mål under sina första åtta matcher i den blåröda-tröjan.
Precis innan jul krönte Zlatan framsidorna på i stort sätt alla spanska dagstidningar när han den 29 november 2009 gjorde Barcelonas enda mål då man besegrade Real Madrid med 1-0 på Camp Nou.
Men efter juluppehållet avtog succén och Zlatan producerade inte längre vad som förväntades av honom, vilket fick kritikerna att vakna.
Efter att Barcelona förlorat mot Inter i det första semifinalmötet av Champions League valde Guardiola att sätta Zlatan på bänken i en ligamatch mot Villarreal. In klev Bojan Krikic och tonåringen tog chansen och gjorde mål direkt.
När Bojan ännu en gång valdes framför Zlatan inför det avgörande mötet med Inter i CL-semin, så fick svensken nog. Relationen mellan tränaren och malmöpågen blev allt mer kritisk och enligt Zlatans egna självbiografi ska han bland annat ha uttryckt sin frustration till Guardiola genom att säga ”du köpte en Ferrari men kör den som en Fiat”.
Med Ibrahimovic på bänken slogs Barcelona ur Champions League av Zlatans gamla klubb Inter som sedermera vann turneringen.
Utöver att man vann den spanska ligan var Zlatan med och tog Barcelona till klubbens första VM-titel någonsin. Men tiden i Spanien blev inte riktigt som han hade tänkt sig. Trots att svensken skrev på ett femårskontrakt så lämnade han Barcelona redan efter en säsong och återvände till Italien för spel med AC Milan.