Real Madrid öppnade målskyttet i den 26:e minuten genom Sergio Ramos som höll sig framme på en fast situation och stydre i Ronaldos frispark.
I den andra halvleken utökade sedan James Rodriguez till 2-0 efter ett mycket vackert Real-anfall. Dessförinnan hade Cristiano Ronaldo missat en straff.
Bara två minuter efter James 2-0 mål skulle dock gästande Malaga kvittera genom Juanmi som behärskat nickade in Rosales precisa inlägg.
På övertid fastställde sedan Ronaldo slutresultatet till 3-1 efter ett fint förarbete från Javier Hernandez och Real är därmed fortsatt bara två poäng bakom Barcelona.
Se alla höjdpunkter från matchen i spelaren ovan.
Så startade lagen:
Real Madrid: Casillias - Arbeloa, Pepe, Ramos, Marcelo - James, Kroos, Modric, Isco - Bale - Ronaldo
Malaga: Kameni - Rosales, Sanchez, Angeleri, Boka - Darder, Recio, Samuel, Amrabat, Castillejo - Juanmi