Förbundsordföranden Lars-Åke Lagrell är oroad över vad beslutet kan betyda för framtiden.
-Sett ur ett internationellt perspektiv förlorar svensk fotboll konkurrenskraft av detta, säger han.
Det var i samband med att Örgryte beviljades tillstånd för hemmamatchen mot Hammarby i superettan den 5 juli som polismyndigheten i Västra Götaland meddelade att det skulle kosta pengar, uppger Radiosporten.
Enligt ordningslagen har polisen rätt att ta betalt för sina insatser vid olika arrangemang, till exempel fotbollsmatcher, så länge den arrangerande klubben är ett idrottsaktiebolag. Ideella föreningar behöver däremot inte stå för kostnaderna.
-Det är ganska märkligt. Vi driver inte verksamheten i vinstsyfte som polisen hävdar. Alla vinster går tillbaka in i verksamheten och vi delar inte ut några pengar, säger Örgrytes ordförande Lars Ranäng till TT.
Polisen i Västra Götaland är hittills ensam om att utnyttja möjligheten att fakturera bevakningen i samband med fotbollsmatcher. Örgryte har överklagat beslutet till förvaltningsdomstolen.
-Det känns lite orättvist. Vi vill få det här utrett och det hade polisen inget emot, säger Lars Ranäng.
TT: Hur mycket pengar handlar det om?
-Vi hade bara tre poliser på hemmamatchen mot Hammarby. Nu har de tagit betalt för 25 procent av den totala kostnaden på 8 000. Det känns som att de vill göra en markering.
Av elitfotbollsklubbarna drivs även AIK, Hammarby, Djurgården och Örebro som aktiebolag. Bland dem växer nu rädslan för vad det skulle innebära om även de tvingas betala för polisinsatserna.
En oro som även delas av förbundsordföranden Lars-Åke Lagrell.
-Vi hoppas att det inte blir verklighet på fler ställen. Om det blir det tror jag att många idrottsföreningar som övervägt att bli bolag inte kommer att genomföra det, säger Lagrell.
Annelie Granstedt, tillförordnad chef på tillståndsenheten vid Stockholmspolisen, säger att man överväger att följa exemplet från Västra Götaland.
-Så länge det inte finns några otydligheter i lagen är vår uppfattning att alla ska göra likadant. Nu väntar vi på utslaget av överklagandet. När det kommer ska vi ha en ny diskussion och se över hur vi ska göra.
Petter Nilsson/TT