Det var i den 50:e minuten som Kingsley Coman tvingades bryta matchen hemma mot Köln.
Enligt uppgifter till tyska Sky fördes fransmannen direkt till sjukhus, och var på plats innan matchen ens var slut.
- Jag tycker väldigt synd om Kingsley, han är en av våra nyckelspelare, säger Bayerns tränare Thomas Tuchel efter matchen, som laget vann med 2-0.
Senare på kvällen bekräftade Bayern att det rör sig om en muskelskada som kommer hålla honom borta från spel i flera veckor.
Tyska Sky rapporterar att hans säsong är över.
Vill det sig riktigt illa kan även EM-spel med Frankrike i sommar vara det.
Frankrike premiärspelar den 17 juni mot Österrike i Düsseldorf.