Thomas Tuchel hade ett gyllene läge att ta sitt Bayern München till en cupsemfinal i blott sin andra match som huvudtränare i klubben.
Men mot Freiburg skulle det ta stopp.
Dayot Upamecano öppnade målskyttet för FC Bayern men det skulle vara lika-läge inför den andra halvleken efter att Nicolas Höfler kvitterat.
Nicolas Höfler är nog en spelare som kan dyka upp i Tuchels marddrömmar framöver. I den 95:e minuten avgjorde nämligen Höfler kvartsfinalen och skickade ut Bayern München.
Tidigare under tisdagen tog sig Eintracht Frankfurt till semfinal efter att firma Götze/Kolo Muani kombinerat sig fram till två mål hemma mot Union Berlin. Den semifinalen slutade 2-0.
Startelvor:
FC Bayern: Sommer - Pavard, Upamecano, De Ligt, Cancelo - Kimmich, Goretzka - Sané, Muller, Coman - Choupo-Moting.
Freiburg: Flekken - Sildillia, Gulde, Ginter, Gunter, Grifo - Höfler, Eggestein - Doan, Höler - Gregoritsch.