Belgien toppade gruppen på nio poäng inför den sista omgången, medan Schweiz låg tvåa med sex poäng i en ren gruppfinal.
Det var också Belgien som tog ledningen direkt när Thorgan Hazard utnyttjade slarv i Schweiz backlinje och slog till efter bara en minut. Hazard gjorde dessutom 2-0 kort därefter när han ostört fick föra bollen på offensiv planhalva och skjuta precis utanför straffområdet. Bollen borrade sig in bortre burgaveln bakom Ian Sommer.
Där och då behövde Schweiz göra fyra mål för att vinna gruppen.
Ricardo Rodriguez började upphämtningen när han rullade in reducering från straffpunkten efter att Courtois fällt Mbabu i straffområdet.
Sedan gjorde anfallaren Haris Seferovic två mål innan första halvlek var slut. Första kunde han enkelt stöta in efter att Xherdan Shaqiri nickat ner bollen till honom. Andra målet kom när Fernandes hittade anfallaren i straffområdet, där Seferovic hittade nätet bakom Courtois.
- Schweiz som hamnar i rejäl brygga, bedrövligt försvarsspel vid bägge målen. Det kan sänka de flesta lag, man kan börja hacka på varandra, det kan hacka i spelet. Istället visar Schweiz att man har allt att spela för, sa C Mores expert Jon Persson.
I andra halvlek var det Eveldi, som var den olycklige vid Hazards första mål, som revanscherade sig från första halvlek. Mittbacken nickade in Shaqiris inlägg och helt plötsligt toppade Schweiz gruppen.
Seferovic avgjorde striden om gruppsegern genom att fullborda sitt hattrick när han helt ohotad fick nicka in Mbabus inlägg från höger.
5-2-vinsten gav Schweiz gruppsegern, vilket gör att de går vidare till slutspelet i Uefa Nations League, där England och Portugal väntar sedan tidigare. Belgien slutar tvåa i gruppen.
Startelvor:
Schweiz: Sommer - Mbabu, Elvedi, Klose, Rodríguez - Fernandes, Xhaka, Freuler, Zuber - Shaqiri - Seferovic.
Belgien: Courtois - Boyata, Kompany, Alderweireld - Meunier, Tielemans, Witsel, Chadli - E.Hazard, Mertens, T.Hazard.